以前以下のような構造について説明した
記事詳細：https://example.com/example?p=1234
記事一覧：https://example.com/example/
これは並列の関係にはない（階層が違う）
Googleがおすすめしているのは、各記事ページとカテゴリページが並列の関係になっていることである
今回のWordPressについての質問部分は、Googleの推奨と何も変わらない
いろいろなCMSのデフォルトが必ずしもGoogleの推奨と合致しているわけではないので、推奨事項に合った形にすればよいのではないか
これはサイトの大小にかからず推奨事項である

リンク自体は悪影響はない
リンクがどういった性質なものかGoogleが自動的に判断できるので無効化される

懸念として、ハッキングされたサイトで盗用された場合に、外部リンクとなってしまうケースもあり、サイトへの悪影響はないと思うが、スパムレポートを送ってほしい

Googleの手の内を明かすことになるのでお伝えできることはない
そもそも手動対策の対象となったところを解消するとよい
なお、この場合はスパム意図が強いわけではない模様

すでにインデックスされており、問題は解消されている模様

コアアップデートのようなものはなかったので、通常のアルゴリズムの変動の範囲内である
良いコンテンツを作り続けてほしい
見た限り技術上の問題や設定の問題ではなさそうだった

コンテンツを提供している場合に、オリジナルコンテンツであることは非常に強いシグナルであると考えているが、必ずしも優先されるわけではなく、アルゴリズムが最適と判断されたバージョンが表示される
以下のドキュメントも参照してほしい

シンジケーションは注意して行う: コンテンツを他のサイトにシンジケーション提供している場合、あなたの判断とは無関係に、Google で最適と判断されたバージョンが常に表示されます。ただし、コンテンツがシンジケーション提供される各サイトに元記事へのリンクを含めることは有効です。また、シンジケーション提供したコンテンツを使用するユーザーに、提供先のサイト上のバージョンがインデックスに登録されないよう、noindex メタタグで検索エンジンをブロックするように依頼することもできます。
重複コンテンツの作成を避ける

提供先のほうが上位に表示されているのであればしょうがない
提供している記事から元記事へのリンクを設置することもできる（ただし有料リンクに近いものになる恐れがある）ほか、canonicalを設定するのが最適である
また、契約時にnoindexを入れるようにすることも考えられる
なお、このケースでは記事ごとに状況は違うようで、たいていの記事では1位に表示されているようであった

ランキングアルゴリズムについては回答できない

パフォーマンスについては問題ない
その他のユーザー体験や収益性から総合的に判断して、サイトの方向性に合っているのであればやめてしまってもよいのではないか

AMPをやめる際は以下の記事を参照するとよい
Google 検索から AMP ページを削除する

ヘルプフルコンテンツアップデートに限らずGoogleが考えているものとして、Googleはユーザーが探しているものを表示しようとしているおり、ユーザーの役に立たないコンテンツはユーザーの探しているものではないと考えている
オリジナリティが低くても役に立つ（ユーザーが探している）が、他のサイトから持ってきたコンテンツを盗用したものであった場合、別の理由から上位に表示すべきかという問題が出てくる
アルゴリズムはいろいろな観点から検索結果に表示するものを判断している

オリジナリティが低くてもユーザーの役に立っているコンテンツがあるという方は独自の要素をどうやって足すかを考えるとよい
そのサイトがインターネットに存在する理由、ユーザーが来る理由が一言で言えるかどうか
検索結果の上位になることが戦略というのは間違っている

ひとことにPWAといっても様々な実装方法を指すため、コメントがしづらい
どんな実装内容なのかということに尽きる